論文のfigureはdpiやピクセルなどの指定があるため、イラストだけの編集だと指定が面倒です。
Rのグラフをそのまま論文形式に合うように出力できるように書いたサンプルです。
※追記(2017年8月21日)
修正しました。結局、resでdpi指定を入れずに幅を指定した画像を作成して、Macならプレビューでdpiを調整する方法をしています。
#tiff関数でtiff出力を指定。
tiff(filename = "Figure 3A.tiff", #filenameでファイル名を指定
     width = 1920, height = 1200, units = "px", #widthで幅、heightで高さのピクセルを指定
     pointsize = ***, #フォントサイズを指定
     bg = "white")
plot() #ここにplotなりggplotなりでグラフを描画
dev.off()